Con l'aumento e la diversificazione dei dati storici e archeologici sull'Antico Egitto, è diventato chiaro che il sistema di Manetone, sebbene semplice, duraturo e pratico, spesso preclude l'inclusione di molte delle nuove tendenze cronologiche che possono essere percepite al di là del semplice trasferimento del trono da un gruppo di persone a un altro. Alcuni lavori recenti mostrano che in molti momenti della sua storia, l'Egitto era molto meno centralizzato e culturalmente unito di quanto si pensasse in precedenza, con cambiamenti culturali e politici che si verificavano a velocità diverse nelle diverse regioni. Altre ricerche mostrano che gli eventi politici a breve termine, spesso considerati i fattori primari della storia, possono essere meno significativi dal punto di vista storico rispetto ai graduali processi di cambiamento socioeconomico, che possono trasformare radicalmente il panorama culturale nel lungo termine. Proprio come i lunghi periodi "predinastici" della preistoria egizia hanno iniziato a essere compresi in termini di sviluppo culturale piuttosto che politico, il periodo dinastico (come nel caso dei periodi tolemaico e romano) ha iniziato a essere compreso non solo in termini di sequenza tradizionale di re e famiglie regnanti, non solo in termini specifici, ma anche in termini di fattori come i tipi di pasta utilizzati nella ceramica o la decorazione dipinta sui sarcofagi di legno.
Le cronologie dell'Antico Egitto compilate dagli egittologi contemporanei combinano tre sistemi diversi.
In primo luogo, ci sono sistemi di datazione "relativi", come le stratigrafie degli scavi o la datazione sequenziale dei manufatti, inventata da Petrie nel 1899. Dalla fine del XX secolo, man mano che gli archeologi hanno sviluppato una percezione più precisa dei modi in cui i materiali e i disegni dei diversi oggetti egiziani (in particolare la ceramica) cambiavano nel tempo, è diventato possibile applicare forme di seriazione a molte tipologie diverse di oggetti. Così, ad esempio, la serializzazione dei sarcofagi del Medio Regno di Harco Willems ha fornito una migliore comprensione dei cambiamenti avvenuti nelle diverse province dell'Egitto dall'XI alla XIII dinastia, integrando le informazioni già disponibili sui cambiamenti politici nazionali avvenuti nello stesso periodo. In secondo luogo, ci sono le cosiddette cronologie assolute, basate su registrazioni astronomiche e calendariali ricavate da testi antichi. In terzo luogo, ci sono i metodi del "radiocarbonio" (i cui sistemi più utilizzati sono la datazione al carbonio 14 e la termoluminescenza), attraverso i quali è possibile assegnare date a specifici tipi di oggetti o resti organici in termini di misure di decadimento o accumulo radioattivo.

Il rapporto tra i sistemi cronologici calendariali e radiometrici è stato relativamente ambivalente nel corso del tempo. La situazione principale è che il tradizionale sistema di datazione calendariale, nonostante i suoi difetti, ha praticamente sempre un margine di errore inferiore rispetto alle date al radiocarbonio, che devono necessariamente essere citate in termini di un ampio intervallo di date (ovvero, una o due deviazioni standard) e non sono mai in grado di individuare con precisione la costruzione o la fabbricazione di un edificio o di un oggetto in un anno specifico (o persino in un decennio specifico). Certamente, l'avvento delle curve di calibrazione dendrocronologiche, che consentono di convertire gli anni al radiocarbonio in anni di calendario specifici, ha portato a un significativo miglioramento dell'accuratezza. Ciononostante, le imprecisioni della curva e la continua necessità di tenere conto degli errori associati implicano che le date debbano ancora essere citate come un intervallo di possibilità piuttosto che come un insieme di dati.
D'altro canto, la preistoria egizia ha tratto grandi benefici dall'applicazione delle datazioni radiometriche, poiché in precedenza si basava su metodi di datazione relativi. Le tecniche radiometriche hanno permesso non solo di collocare le date della sequenza di Petrie in un quadro di date assolute (per quanto imprecise), ma anche di estendere la cronologia egizia fino al Neolitico e al Paleolitico.

Solo un piccolo numero di oggetti del tardo Periodo Predinastico può essere utilizzato come fonte storica che documenti la transizione verso uno stato completamente unificato. Tra questi, stele funerarie, palette votive, teste di mazza cerimoniali e le piccole etichette (in legno, avorio o osso) che originariamente venivano apposte sui corredi funerari delle elite. Nel caso di stele, palette e teste di mazza, il loro evidente intento era quello di commemorare diversi tipi di atti regali, che si trattasse della morte e sepoltura del re stesso, o di un atto di devozione a una divinità. Alcune delle etichette più piccole e più antiche (in particolare quelle recentemente rinvenute nella "tomba reale" U-j del tardo Predinastico ad Abido) sono semplici registrazioni della natura o dell'origine del corredo funerario a cui erano apposte, ma alcune delle etichette più tarde, provenienti dalle tombe reali di Abido, utilizzano un repertorio simile di raffigurazioni di atti regali per assegnare gli oggetti in questione a una data specifica nel regno di uno specifico re. Se l'obiettivo di quest'arte portatile della fine del quarto e inizio del terzo millennio era quello di etichettare, commemorare e datazione, allora la sua decorazione deve essere considerata in termini di desiderio di comunicare il "contesto" dell'oggetto, tenendo conto dell'evento e del rituale.
Nick Millet lo ha dimostrato nella sua ricerca della Testa di Mazza di Narmer, che faceva parte di un gruppo di oggetti votivi del tardo periodo predinastico e dell'inizio del periodo faraonico (che includeva la Tavolozza di Narmer e la Testa di Mazza del Re Scorpione), rinvenuti da Quibell e Green nel recinto del tempio di Hierakongus. La ricerca delle scene e dei testi su questi oggetti è ostacolata dalla nostra moderna necessità di distinguere tra evento e rituale. Tuttavia, gli antichi Egizi mostravano scarsa propensione a distinguere coerentemente tra i due, e in effetti, si può affermare che l'ideologia egizia durante il periodo faraonico, in particolare per quanto riguarda la regalità, si basava sul mantenimento di un certo grado di confusione tra eventi reali e atti puramente rituali o magici.
Riguardo alle tavolozze e alle teste di mazza, l'egittologo canadese Donald Redford suggerisce che potrebbe esserci stata la necessità di ricordare l'evento unico dell'unificazione alla fine del terzo millennio a.C., ma che tali eventi siano "commemorati" piuttosto che "narrati".
La distinzione è cruciale: non possiamo aspettarci di sbrogliare gli eventi "storici" partendo da scene più commemorative che descrittive, e se lo facessimo, potremmo spesso essere fuorviati.

Una delle fonti storiche più importanti per l'inizio del Periodo Protodinastico (3000-2686 a.C.) e dell'Antico Regno (2686-2125 a.C.) è la Pietra di Palermo, parte di una stele di basalto della V dinastia (circa 2400 a.C.) incisa su entrambi i lati con tempistiche reali risalenti a sovrani mitici preistorici.
Il frammento principale è noto dal 1866 ed è attualmente conservato nella collezione del Museo Archeologico di Palermo, sebbene altri pezzi si trovino al Museo Egizio (Il Cairo) e al Petrie Museum (Londra). La stele originale doveva essere alta circa 2,1 metri e larga 0,6 metri, ma la maggior parte è andata perduta e non ci sono pervenute informazioni sul suo luogo di origine. Questo oggetto, insieme ai "diari", alle tempistiche e alle "liste reali" incise sulle pareti dei templi e ai papiri conservati negli archivi templari e di palazzo, era senza dubbio il tipo di documento che Manetone consultava quando compilava la sua storia o Aegyptiaca. Il testo della Pietra di Palermo elenca i periodi dei re del Basso Egitto, a partire dal tempo in cui si pensa che i sovrani mitologici abbiano regnato, fino al tempo di Re Horus, che si dice abbia ceduto il trono al re umano Menes.
I sovrani umani vengono poi elencati fino alla Quinta Dinastia. Il testo è diviso in una serie di linee verticali che si curvano in alto, apparentemente a imitare il geroglifico che significa anno di regno (renpet), indicando così gli eventi memorabili di ciascuno degli anni di regno del sovrano. La situazione è resa leggermente confusa dal fatto che le date citate sulla Pietra di Palermo sembrano riferirsi a una serie di censimenti biennali del bestiame (hesbet) piuttosto che agli anni di regno del sovrano, pertanto, il numero di "anni" nelle date potrebbe dover essere moltiplicato per due per trovare il numero effettivo di anni di regno. I tipi di eventi registrati sulla Pietra di Palermo sono cerimonie di culto, il pagamento di tasse, la realizzazione di sculture, la costruzione di edifici e guerre: esattamente i tipi di fenomeni che erano incisi su etichette predinastiche in avorio ed ebano provenienti da Abido, Sakkara e altri siti nella prima era storica. L'introduzione del segno renpet sulle etichette, avvenuta durante il regno di Djet, facilita questo confronto. Tuttavia, ci sono due differenze: in primo luogo, le etichette includono informazioni amministrative, che la Pietra di Palermo non riporta; e in secondo luogo, la Pietra di Palermo include l'altezza della piena del Nilo, che le etichette non riportano. Questi due tipi di informazioni sembrano aver occupato lo stesso spazio fisico sui documenti, ovvero la parte inferiore. Redford suggerisce che il genut dell'Antico Regno (di cui si presume l'esistenza, ma che, ad eccezione della Pietra di Palermo, non è pervenuto fino a noi) si occupava di cambiamenti idraulici/climatici che, per le loro cruciali conseguenze agricole ed economiche, rappresentavano potenzialmente l'aspetto più importante del cambiamento in termini di reputazione individuale di ciascun re. Tuttavia, questo tipo di informazioni idrauliche potrebbe essere stato considerato irrilevante ai fini della funzione delle etichette apposte sui corredi funerari.

Oltre alla Pietra di Palermo, le fonti fondamentali su cui gli egittologi si basano per costruire la cronologia tradizionale dei cambiamenti politici in Egitto sono la storia di Manetone (purtroppo conservata solo sotto forma di brani compilati da autori successivi, come Flavio Giuseppe, Giulio Africano, Eusebio e Giorgio Sindello), le cosiddette liste dei re, registrazioni datate di osservazioni astronomiche, documenti testuali e artistici (come rilievi e stele) con descrizioni apparentemente correlate ad eventi storici, informazioni genealogiche e sincronizzazioni con fonti non egizie, come le liste reali dei re assiri.
Per la XXVIII-XXX dinastia, la Cronaca Demotica è una fonte unica risalente all'inizio del periodo tolemaico, che copre gli eventi politici del tardo periodo. Questa fonte, in una certa misura, compensa la scarsità di informazioni fornite dai papiri e dai monumenti del periodo (così come il fatto che Manetone si limita a fornire i nomi e la durata dei regni dei sovrani). Wilhelm Spiegelberg e Jacqueline Johnson hanno dimostrato che un attenta traduzione e interpretazione delle "dichiarazioni oracolari" di questo documento pseudo-profetico può gettare nuova luce non solo sugli eventi del periodo (come la sospetta coreggenza tra Nectanebo I e suo figlio Theo), ma anche sul contesto ideologico e politico del IV secolo a.C.
Come molti altri popoli antichi, gli antichi Egizi datavano importanti eventi politici e religiosi non in base al numero di anni trascorsi da un punto fisso nella storia (come nel caso della nascita di Cristo nel moderno calendario occidentale), ma piuttosto in base al numero di anni dall'ascesa al trono del re in carica (anni di regno). Pertanto, le date sono elencate nel seguente formato: "Giorno 2 del primo mese della stagione di Peret nel quinto anno di Nebmaatra (Amenhotep III)."
È importante ricordare che per gli Egizi, esprimendo le date nel modo in cui facevano, il regno di ogni re rappresentava un nuovo inizio, non filosoficamente, ma praticamente. Ciò significa che probabilmente esisteva una tendenza psicologica a considerare ogni nuovo regno come un nuovo punto di origine, ovvero che essenzialmente ciò che ogni re faceva era ricreare gli stessi miti universali della realtà all'interno degli eventi della propria epoca.
Un aspetto importante della regalità egizia durante il periodo faraonico era l'esistenza di diversi nomi per ogni sovrano. Nel Medio Regno, ogni re aveva già cinque nomi (il cosiddetto "quintuplice titolo"), ognuno dei quali si riferiva a uno specifico aspetto della regalità: tre di essi enfatizzavano il ruolo del re come dio, mentre gli altri due enfatizzavano la presunta divisione dell'Egitto in due terre unificate. Il nome di nascita (o nomen), come Ramesse o Mentuhotep, era preceduto dal titolo "figlio di Ra" ed era l'unico dato al faraone alla nascita.
Di solito è l'ultimo a comparire nelle iscrizioni che identificano il re con la sequenza completa dei suoi nomi e titoli. Gli altri quattro nomi Horas, nebty ("delle due donne"), (Ore d') oro e nesu-bit ("della canna e dell'ape") gli furono dati al momento della sua ascesa al trono, e talvolta le loro componenti possono esprimere parte dell' ideologia o delle intenzioni politico-religiose del re in questione.
Per quanto riguarda i sovrani della X dinastia e dell'inizio del periodo protodinastico, conosciamo solo i "nomi delle Ore", solitamente scritti all'interno di un serekh (una sorta di rappresentazione schematica del cancello d'ingresso del palazzo), sopra il quale appare appollaiato un falco Horas.
Uno degli ultimi re della Prima dinastia, Anedjib (circa 2900 a.C.), fu il primo a possedere un nesu-bit (Merpabia) Nome; tuttavia, fu solo durante il regno di Snefru (2613-2589 a.C.) nella Quarta Dinastia che questo nome fu per la prima volta circondato dalla familiare forma a cartiglio (un anello che lo circonda, forse a simboleggiare l'infinita estensione dei domini reali). Il titolo nesu-bit è stato spesso tradotto come "re dell'Alto e del Basso Egitto", ma in realtà ha un significato molto più complesso e significativo. Nesu sembra riferirsi al re divino immutabile (quasi la regalità stessa), mentre il termine bit descrive l'attuale ed effimero detentore della regalità, ovvero il re che esercita il potere in un momento specifico. Pertanto, ogni re era una combinazione del divino e del mortale, il nesu e il bit, proprio come il re vivente era imparentato con Horus e i re defunti (gli antenati reali) associati a Osiride, padre di Horus.
La tradizione del culto degli antenati reali, la nozione di defunto nacque dalla convinzione degli Egizi che i loro re fossero incarnazioni di Horus e Osiride.
Questa convenzione, con cui il sovrano in carica rendeva omaggio ai suoi predecessori, fu la ragione della creazione delle cosiddette liste reali, che non sono altro che elenchi di nomi di sovrani scritti sulle pareti di tombe e templi (i più importanti si trovano nei templi di Seti I e Ramses II ad Abido, risalenti alla XIX dinastia); ma anche su papiri (di cui è conservato solo un esemplare, il cosiddetto Canone di Deliran) o in antichi graffiti su rocce desertiche, come la lista proveniente dalla miniera di fango di Wadi Hammamat nel Deserto Orientale.
La continuità e la stabilità della regalità venivano preservate facendo offerte a tutti i re passati considerati sovrani legittimi, come vediamo fare a Seti I nel suo tempio di culto ad Abido.
Le liste dei re sono generalmente considerate parte delle fonti utilizzate da Manetone per compilare la sua storia.
Il Canone di Torino, un papiro ramesside datato al XIII secolo a.C., è la lista dei re egiziani che fornisce la maggior parte delle informazioni. Inizia nel Secondo Periodo Intermedio (1650-1550 a.C.) e si estende con ragionevole accuratezza fino al regno di Menes, sovrano della Prima Dinastia (circa 3000 a.C.), e persino oltre, in una preistoria mitica durante la quale gli dei governarono l'Egitto.
La durata del regno di ciascun re è registrata in anni, mesi e giorni. Fornisce anche una base per il sistema dinastico di Manetone, poiché egli colloca una cesura alla fine della Quinta Dinastia.
Le liste reali non riguardano tanto la storia quanto il culto degli antenati: il passato viene presentato come una combinazione di generale e individuale, con la costanza e l'universalità della regalità celebrate attraverso l'elenco dei diversi titolari di titoli reali.
Il conflitto tra generale e particolare è senza dubbio un fattore importante nella cronologia e nella storia dell'Antico Egitto.
In generale, i testi e gli oggetti che costituiscono la base della storia egizia trasmettono informazioni di carattere generale (mitologico o rituale) o specifico (storico). Pertanto, la chiave per realizzare una ricostruzione storica è distinguere il più chiaramente possibile tra i due tipi di informazioni, tenendo conto della tendenza egiziana a confondere i confini tra i due. L'egittologo svizzero Erik Hornung descrive la storia dell'Egitto come una sorta di "commemorazione", sia di continuità che di cambiamento.
Proprio come il re vivente può essere considerato sinonimo del dio falco Horus, i suoi sudditi (almeno a partire dal Primo Periodo Intermedio) arrivarono a identificarsi, dopo la morte, con il dio Osiride.
In altre parole, gli Egizi erano abituati all'idea di rappresentare gli esseri umani come una combinazione di generale e particolare. Pertanto, il loro senso della storia comprendeva lo specifico e l'universale in egual misura.